W metodzie przeznabłonkowej (Epi-On) nie jest konieczne zeskrobywanie powierzchni, czyli usuwanie górnej warstwy ochronnej rogówki. W metodzie tej stosuje się sieciowanie za pomocą jonoforezy: przy pomocy elektrody aplikatora do jonoforezy ryboflawina dyfunduje znacznie szybciej przez nienaruszony nabłonek do zrębu rogówki niż w przypadku zwykłej procedury sieciowania metodą Epi-on. Oznacza to, że proces zajmuje znacznie mniej czasu (łącznie ok. 15 minut). Ponieważ nabłonek pozostaje nienaruszony, nie ma zmętnienia rogówki po zabiegu, infekcji ani pogorszenia wzroku. Jednak te wady widać od czasu do czasu po standardowej procedurze Epi-off. Głębokość penetracji tą metodą szacuje się na ok. 150 µm.
Powierzchnię oka naświetla się więc źródłem światła UV-A przez 10 do maksymalnie 30 minut, w zależności od protokołu leczenia wybranego dla pacjenta. W tym czasie rogówka jest „nasączana” ryboflawiną, która pełni rolę tzw. fotouczulacza i pochłania promieniowanie UV. Oświetlenie wprowadza ryboflawinę w rogówce w stan wzbudzenia, uruchamiający proces fotochemiczny, w którym powstają rodniki tlenowe. Rodniki tlenowe powodują interakcje z kolagenem w rogówce, tworząc mostki między cząsteczkami kolagenu. Ponad 90% światła UV jest pochłaniane przez rogówkę, dzięki czemu nie ma zagrożenia dla soczewki ani siatkówki organizmu.