Bei der transepithelialen Methode (Epi-On) ist es nicht notwendig, die Oberfläche zu kratzen, d.h. die obere Schutzschicht der Hornhaut zu entfernen. Bei dieser Methode kommt die Iontophorese-Vernetzung zum Einsatz: Mit Hilfe der Elektrode eines Iontophorese-Applikators diffundiert Riboflavin viel schneller durch das intakte Epithel in das Hornhautstroma als mit dem üblichen Epi-on-Vernetzungsverfahren. Das bedeutet, dass der Vorgang viel weniger Zeit in Anspruch nimmt (insgesamt etwa 15 Minuten). Da das Epithel intakt bleibt, gibt es nach dem Eingriff keine Hornhauttrübung, keine Infektion und keine Verschlechterung der Sehkraft. Diese Nachteile können jedoch von Zeit zu Zeit nach dem Standard-Epi-Aus-Verfahren festgestellt werden. Die Eindringtiefe wird bei dieser Methode auf ca. 150 µm.
Die Augenoberfläche wird daher mit einer UV-A-Lichtquelle für 10 bis maximal 30 Minuten bestrahlt, je nach dem für den Patienten gewählten Behandlungsprotokoll. Während dieser Zeit ist die Hornhaut mit Riboflavin „gesättigt“, das als sogenannter „Brennpunkt“ fungiert. Photosensibilisator und absorbiert UV-Strahlung. Durch die Beleuchtung wird Riboflavin in der Hornhaut in einen angeregten Zustand versetzt, wodurch ein photochemischer Prozess ausgelöst wird, bei dem Sauerstoffradikale entstehen. Sauerstoffradikale verursachen Wechselwirkungen mit dem Kollagen in der Hornhaut und bilden Brücken zwischen den Kollagenmolekülen. Mehr als 90% des UV-Lichts wird von der Hornhaut absorbiert, so dass keine Gefahr für die Linse oder die Netzhaut besteht.