Die Wirkung der beiden Methoden (Epi-Off und Epi-On) ist vergleichbar, da die Quervernetzung bei beiden Methoden nur in den oberen Schichten der Hornhaut stattfindet. Die Tiefe der Penetration von Riboflavin in die unteren Schichten der Hornhaut scheint nicht von großer Bedeutung zu sein. Eine Eindringtiefe von 150 µm scheint für die beabsichtigte Wirkung ausreichend zu sein.
Wenn die Hornhaut dünner als die empfohlenen 400 µm ist, kann die Verabreichung von hypotonischem Riboflavin zu einer Hornhautschwellung führen, aber die Vernetzung ist dennoch möglich. Die UV-Lichtexposition während der Vernetzung der Hornhaut des Auges (ca. 10 Minuten) findet dann auf einer Fläche von ca. 8 bis 9 cm² statt. Der Abstand zwischen dem UV-Licht und der Hornhaut und die Intensität des Strahls werden so gewählt, dass die Bereiche unter der Hornhaut nicht beschädigt werden. Während des Crosslinking überwacht der Arzt kontinuierlich die Dicke der Hornhaut. Die Hornhautoberfläche wird dann abgespült. Einschließlich der Vorbereitung dauert das gesamte Verfahren ca. zwei Stunden. Die Vernetzung erhöht die Dichte des Kollagens im Gewebe und damit die Stabilität und Dicke der Hornhaut.